SARS

Nature volume 592, páginas 277–282 (2021)Cite este artigo

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A proteína spike do coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) é crítica para a infecção pelo vírus através do envolvimento da proteína ACE2 humana1 e é um importante alvo de anticorpos. Aqui mostramos que a infecção crônica por SARS-CoV-2 leva à evolução viral e à redução da sensibilidade a anticorpos neutralizantes em um indivíduo imunossuprimido tratado com plasma convalescente, gerando sequências ultraprofundas de todo o genoma por 23 pontos no tempo que abrangem 101 dias e usando técnicas in vitro para caracterizar as mutações reveladas pelo sequenciamento. Houve pouca mudança na estrutura geral da população viral após dois ciclos de remdesivir durante os primeiros 57 dias. No entanto, após terapia plasmática convalescente, observamos grandes mudanças dinâmicas na população viral, com o surgimento de uma cepa viral dominante que continha uma substituição (D796H) na subunidade S2 e uma deleção (ΔH69/ΔV70) na subunidade S1 N- domínio terminal da proteína spike. À medida que os anticorpos séricos transferidos passivamente diminuíram, a frequência dos vírus com o genótipo de escape foi reduzida, antes de regressarem durante um ciclo final e mal sucedido de tratamento com plasma convalescente. In vitro, o mutante duplo de espícula contendo ΔH69/ΔV70 e D796H conferiu sensibilidade modestamente diminuída ao plasma convalescente, enquanto manteve níveis de infectividade semelhantes aos do vírus do tipo selvagem. O mutante de substituição de espícula D796H pareceu ser o principal contribuinte para a diminuição susceptibilidade a anticorpos neutralizantes, mas esta mutação resultou num defeito de infecciosidade. O mutante de deleção de pico ΔH69/ΔV70 apresentou um nível de infecciosidade duas vezes maior do que o SARS-CoV-2 de tipo selvagem, possivelmente compensando a infecciosidade reduzida da mutação D796H. Estes dados revelam uma forte seleção de SARS-CoV-2 durante a terapia com plasma convalescente, que está associada ao surgimento de variantes virais que mostram evidências de suscetibilidade reduzida a anticorpos neutralizantes em indivíduos imunossuprimidos.

Um homem septuagenário foi internado em um hospital terciário no verão de 2020 e apresentou resultado positivo para SARS-CoV-2 usando PCR quantitativo de transcrição reversa (RT-qPCR) 35 dias antes em um esfregaço nasofaríngeo (dia 1) em um hospital local (Dados Estendidos Figs. 1, 2). Seu histórico médico incluía linfoma marginal de células B diagnosticado em 2012, com quimioterapia anterior incluindo vincristina, prednisolona, ​​ciclofosfamida e depleção de células B anti-CD20 com rituximabe. É provável que tanto a quimioterapia como o linfoma subjacente tenham contribuído para a imunodeficiência combinada de células B e T (Dados Estendidos Figs. 2, 3 e Tabela Suplementar 1). A tomografia computadorizada de tórax mostrou anormalidades generalizadas consistentes com pneumonia associada à doença por coronavírus 2019 (COVID-19) (Figura 1 suplementar). O tratamento incluiu dois ciclos de remdesivir de 10 dias com um intervalo de 5 dias entre eles (Dados Estendidos Fig. 1). Duas unidades de plasma convalescente foram administradas nos dias 63 e 65 (Extended Data Fig. 3). Após deterioração clínica, foram administrados remdesivir e uma unidade de plasma convalescente no dia 95, mas o indivíduo faleceu no dia 102 (Nota Complementar).

A maioria das amostras eram amostras respiratórias do nariz e garganta ou aspirados endotraqueais durante o período de intubação (Tabela Suplementar 3). Os valores do limiar do ciclo (Ct) variaram de 16 a 34 e todas as 23 amostras respiratórias foram sequenciadas com sucesso por uma abordagem padrão de sequenciamento de molécula única de acordo com o protocolo ARTIC implementado pelo The COVID-19 Genomics UK (COG-UK; https://www .cogconsortium.uk/) Consórcio; destas amostras, 20 foram adicionalmente submetidas a sequenciamento profundo de leitura curta usando a plataforma Illumina (Tabela Suplementar 4). Houve concordância geral entre os dois métodos (Extended Data Fig. 4). No entanto, devido à maior confiabilidade do Illumina para variantes de baixa frequência, este foi utilizado para análise formal2,3. Além disso, a amplificação de genoma único e o sequenciamento do pico usando RNA extraído de amostras respiratórias foram usados ​​como um método independente para detectar as mutações observadas (Extended Data Fig. 4). Finalmente, não detectamos nenhuma evidência de recombinação, com base em dois métodos independentes (dados não mostrados).